Gempa bumi yang terjadi di Prefektur kumamoto tanggal 18 April 2016 menyebabkan kegiatan belajar mengajar di 401 dari 614 sekolah negeri tertunda. Kini proses pembelajaran kembali berlangsung.
Namun tidak semuanya, sebanyak 61 SD dan SMP negeri di Mashiki, Minamiaso, dan enam kota lainnya di prefektur Kumamoto sudah bisa memulai aktif pada 9 mei. 111 sekolah lainnya, termasuk SMA dan Sekolah Khusus sudah beroperasi kembali 11 mei lalu.
Akan tetapi, beberapa aktivitas siswa tetap terganggu karena mereka harus berbagi beberapa fasilitas sekolah dengan yang lain, dan siswa wajib tinggal di asrama agar bisa menghadiri kelas. Sekolah yang beroperasi kembali telah mengonfirmasi tidak ada kerusakan fatal di bangunan sekolah mereka, Tenaga listrik dan Air pun masih bisa di gunakan.
Empat SD di kota Mashiki masih menampung 900 korban gempa bumi. Pihak sekolah meminta para korban untuk segera pindah agar ruang olahraga sekolah (Gymnasium) bisa di gunakan kembali.
Karena jalan dan jalur kereta api di penuhi longsoran lumpur akibat gempa bumi, Kyushu Railway Co. menyediakan bus sekolah spesial untuk destinasi Aso dan Otsu agar para siswa bisa sekolah dengan mudah.
